Nel 1488 Innocenzo VIII autorizzava gli abitanti di Acquapendente a raccogliere offerte per erigere una cappella da dedicare al culto della Madonna, presso un sito in cui già esisteva una immagine della Vergine posta in un sacello molto frequentato dai fedeli.
Dopo un periodo di concessione della chiesa ai Carmelitani che ne fanno un convento, nel 1651 viene soppresso per dotare dei suoi beni alcuni canonicati della nuova cattedrale aquesiana. È solo nel 1815 che la chiesa ed il convento vengono demoliti per ordine del vescovo Florido Pierleoni, perché minacciavano di crollare. Il seminario viene trasferito nel ex-Palazzo Sforza, mentre nel 1816 si erige una piccola struttura sempre dedicata alla Madonna del Carmine.
